我院设置12个职能部门，分别是：党建工作部(党办、团委)、综合管理部(办公室)、人力资源部、财务资产部(投融资办公室)、发展规划部(法务部)、技术管理部、科技信息部(“走出去”办公室)、安全管理部、纪检监察部、审计部、工会、离退休管理中心。

设置13个分公司，分别是：地质勘查一分院、地质勘查二分院、地质勘查三分院、生态修复分院、地质环境分院、测绘地理信息分院、水文地质分院、岩土工程分院、安全评价分院、西南办事处、实验室、基地管理中心、职工医院。

设置10个三级公司，分别是：河南豫矿天源矿业有限公司、河南中矿能源有限公司、河南中矿能源有限公司嵩县柿树底金矿、洛阳地质工程勘察技术有限公司、洛阳金基安全评价技术有限公司、嵩县庙岭金矿有限公司、洛宁吉家洼金矿有限公司、洛阳地矿双语学校、嵩县耕莘高岭土矿有限公司、偃师市贾庄坡铝土矿有限公司。